Своеобразие и неповторимость обширной территории, площадь которой почти 52000 гектаров, придают карстовые ландшафты, серебряные водопады, гипсовые останцы – башни, пещеры, каньоны, уходящие под землю реки и ручьи.

Главными задачами небольшого коллектива заповедника были и остаются  сохранение и изучение края, сочетающего типичные северотаёжные и уникальные карстовые ландшафты, проведение экологического мониторинга и других научных исследований, экопросвещение.

Длина самой крупной в Пинежском заповеднике пещерной системы Кумичевка-Визборовская – более 7,2 километра, а всего здесь насчитывается 103 пещеры суммарной протяженностью 40,9 километра. 

В Красную книгу России занесены шесть видов сосудистых растений и два вида лишайников. Среди краснокнижных находок последних лет – водоросль хара щетинистая, птицы степной лунь, кречет, малый лебедь.

За последние пять лет заповедник посетили гости из Республики Беларусь, Литвы, Шотландии, Норвегии, Голландии, Польши.