Сергей Котлов родился в Архангельской области в 1981 году. Имеет профильное педагогическое образование - окончил Поморский государственный университет им. М.В. Ломоносова. Более трёх лет он проработал директором Шенкурской коррекционной школы, затем возглавил администрацию города Шенкурска. С 2012 года Сергей Котлов являлся главой Шенкурского района.
 
Весной 2017 года Сергей Котлов перешёл работать в министерство образования и науки Поморья на должность заместителя руководителя ведомства.
 
- Что касается приоритетов в работе министерства, то, прежде всего, будут продолжены проекты по повышению качества образования и его независимой оценке. Ещё один важнейший аспект – развитие инфраструктуры. В частности, регион продолжит строить школы и детские сады, – отметил министр образования и науки Архангельской области Сергей Котлов.
 
Напомним, что бывший глава министерства образования Игорь Скубенко занял пост главы администрации Северодвинска. Его кандидатуру на этот пост единогласно утвердили депутаты городского Совета.